Das historische Bunyoro am Ende des 19. Jahrhunderts schließt fast alle Gebiete unmittelbar östlich des Albertsees ein sowie einen kleinen Gebietsstreifen, der 1910 Belgisch-Kongo, der heutigen Demokratischen Republik Kongo, zugeschlagen wurde. Im Norden und Osten wurde Bunyoro durch den Victoria-Nil begrenzt. Vor der Festlegung der Grenzen von Bunyoro durch die britischen Kolonialherren seit 1896 hing die Zugehörigkeit von Gebieten und Personengruppen zum Königreich vom Einfluss des jeweiligen einheimischen Königs ab.Offenbar waren während des 19. Jahrhunderts weite Landstriche zwischen den Großen Seen und dem Nil zwischen den Königreichen Bunyoro und Buganda umstritten.

1891 endete die letztmalige Zugehörigkeit des südwestlich gelegenen Königreichs Toro (altes Zentrum Fort Portal im Distrikt Kabarole) zu Bunyoro, als am 14. August 1891 Captain Lugard für die Briten Rukirabasaija Daudi Kasagama Kyebambe VI. zum König von Toro proklamierte. Die Könige von Toro entstammen der gleichen Dynastie (Babiito) wie die Herrscher von Bunyoro.

Bunyoro wurde beherrscht von den viehhaltenden Bahima. Die Bevölkerung von Bunyoro, die Banyoro, zeichnete sich durch eine differenzierte Kultur aus, mit bemerkenswerten Fähigkeiten in der Eisen- und Holzverarbeitung sowie der Töpferei. Besonderen Reichtum bedeutete die Salzgewinnung von Kibiro, dessen Produkte wichtige Handelsgüter waren.
Die einheimische Sprache ist Runyoro-Rutoro, auch Bunyoro bzw. Banyoro genannt, eine Bantu-Sprache.

Bunyoro entstand im 15. Jahrhundert im Bereich des Albertsees. Vorläufer sind das legendäre Reich der Batembuzi-Dynastie und das Reich Kitara der Bachwezi. Diesem folgte, wahrscheinlich im Zusammenhang mit einer Invasion der Luo, die Babiito-Dynastie, unter der Bunyoro vom 16. bis zum 19. Jahrhundert das mächtigste Reich im heutigen Uganda war, bis Buganda zunehmend an Einfluss gewann. Bunyoro wurde auch Bunyoro-Kitara genannt. Der Herrscher („König“) von Bunyoro war der Omukama, der keinen festen Regierungssitz im Reich hatte. Die Gräber der letzten Omukama („Mparo Tombs“) liegen in Mparo, vier Kilometer außerhalb von Hoima, der heutigen Hauptstadt des gleichnamigen ugandischen Distrikts.

Die Hoheitsrechte über die einzelnen Regionen des Reiches wurden vom Omukama an Chiefs übergeben, die unter anderem Rechtsprechung und Steuererhebung übernahmen. Zur Zeit der ersten europäischen Besucher um 1860 herrschte in Bunyoro König Kyebambe, der Vorgänger des späteren Königs Kabarega. Zu Kamurasis Zeit gerät Bunyoro unter den Einfluss von Elfenbein- und Sklavenhändlern, nominell ägyptischer Herkunft.
Von den ersten Europäern in Bunyoro sind zu nennen J. H. Speke, J. A. Grant (beide 1862) sowie die Entdecker des Albertsees, Sir und Lady Baker (beide 1864).

Am 14. Mai 1872 wird Bunyoro durch Baker, dem Generalgouverneur der britischen Äquatorialprovinzen, offiziell dem anglo-ägyptischen Herrschaftsbereich („Sudan“) zugeordnet. Der anglo-ägyptische Einfluss in Bunyoro sank vorübergehend spätestens mit dem Rückzug Emin Paschas 1888, der in Wadelai einen wichtigen Stützpunkt hatte. Während in der Folgezeit der Norden Bunyoros unter den Einfluss der Mahdisten geriet, suchte König Kabalega sich gegen das britische Vordringen von Süden unter Captain Lugard zu wehren. Die stärkere Abschließung Bunyoros gegenüber dem europäischen Einfluss führte jedoch letztendlich dazu, dass Buganda alle Führungspositionen im späteren britischen Protektorat Uganda übernehmen konnte und gegenüber Bunyoro diverse bevorzugte Behandlungen erfuhr.

1896 errichtete Großbritannien über Bunyoro ein Protektorat, zu Anfang des 20. Jahrhunderts bildete Bunyoro den Südwestteil der Nordprovinz des britischen Uganda-Protektorats. König Kabalega wurde 1899 von den Briten gefangen genommen und auf die Seychellen deportiert. Ein Sohn Kabalegas, der noch minderjährige Yosia, wurde von den Briten als neues Oberhaupt von Bunyoro anerkannt, jedoch mit sehr beschränkten Rechten ausgestattet. Nach der Unterwerfung Bunyoros durch Gerald Portal wurde zudem ein Teil Bunyoros abgetrennt und danach im Buganda Agreement durch Henry Hamilton Johnston an Buganda angegliedert.

Ein von Bunyoro vorangetriebenes Referendum über die Rückübertragung der verlorenen Provinzen führte in der hitzigen Atmosphäre kurz nach der Unabhängigkeit 1967 zu einer Staatskrise in Uganda, in der der Präsident Milton Obote schließlich die Verfassung außer Kraft setzte und die traditionellen Königreiche in Uganda aufhob. Erst 1993 unter Yoweri Museveni wurden die Königreiche kulturell wieder anerkannt und erstmals seit 1967 gab es in Bunyoro wieder einen Omukama: Seine Majestät Solomon Gafabusa Iguru I., der 27. Omukama von Bunyoro-Kitara.

Zirka drei Prozent der heutigen ugandischen Bevölkerung von 27,27 Mio. (2005) gehören den Banyoro an.
Bunyoro besteht heute aus drei Distrikten (von Nord nach Süd) mit zusammengenommen 1.232.422 Einwohnern (nach dem Zensus von 2002):
- Masindi (Distriktshauptstadt: Masindi), 2002: 469.865 Einwohner
- Hoima (Distriktshauptstadt: Hoima), 2002: 349.204 Einwohner
- Kibale (Distriktshauptstadt: Kibale), dieser Distrikt wurde Anfang der 1990er neugegründet, 2002: 413.353 Einwohner